Era el representante de la comuna de Santiago, que incluía parte de lo que hoy es Recoleta, Independencia, San Joaquín, Estación Central y Quinta Normal. Fue fundado en junio de 1961 y desapareció en 1970 del fútbol profesional. La sede del club estaba ubicada en una vieja casona de calle Catedral, junto a la Iglesia de Santa Ana, lugar donde se encontraba la Oficina de Deportes de la Municipalidad de Santiago.
Municipal ingresó al Ascenso en 1961 y sus campañas siempre fueron más que aceptables. Pese a su escaso arrastre, el club caía simpático y la prensa tendía a elogiarlo porque sus dirigentes “siempre hacían bien las cosas”. Aunque nunca estuvo cerca de ascender, tampoco pasó mayores zozobras durante esa década. El año 1962 y 1963 fue entrenado por Antonio Valjalo, el año 1963 contó entre sus jugadores con el ex-colocolino Eduardo Robledo. En 1965 acabó en un dignísimo cuarto puesto, su mejor actuación histórica.
Como la sobrepoblación de clubes capitalinos estorbaba la necesaria expansión a provincias, la Asociación Central de Fútbol (ACF) estableció a mediados de los 60 que cada participante de Segunda debía acreditar un estadio para su uso exclusivo: equipo sin estadio, desaparecería. Así, en teoría el Municipal hacía de local en el vetusto Estadio Militar.
En 1968 logró la décima posición, lo que obligó al cuadro santiaguino a disputar la Liguilla por el descenso, en la cual obtuvo el tercer puesto entre seis equipos.
En 1970, debido a las políticas de la Asociación Central de Fútbol, el equipo ejerció de local en el estadio municipal de la comuna de Rengo.​ En el torneo de ese año obtuvo el 14° lugar de catorce equipos (por diferencia de goles), disputando posteriormente una liguilla de promoción entre los tres últimos lugares, donde terminó colista, lo que significó el descenso al fútbol amateur, esta vez de vuelta en Santiago, específicamente a la comuna de Lo Prado.
En la práctica, sin embargo, los ediles solían jugar en cualquier parte -Santa Laura, San Eugenio, Puente Alto-, siempre como preliminar de algún partido más importante.