El club fue fundado en Santiago de Chile el 27 de junio de 1916 por estudiantes de los colegios San Ignacio, San Pedro Nolasco, Seminario y de los Sagrados Corazones, bajo el nombre de Club Royal. Posteriormente, se aceptĂł la propuesta de bautizar al club como Deportivo Green Cross, siendo su escudo una cruz de Malta de color verde.
El club tenĂ­a su propia revista llamada "El pije", apodo del club por ser de empresarios. En 1927, y como una forma de extender el universo de sus disciplinas deportivas, se uniĂł al Club NĂĄutico Quinta Normal, de manera que contĂł con ramas como waterpolo, automovilismo, fĂștbol, baloncesto, ciclismo, nataciĂłn, rugby, atletismo, etc.
La rama de fĂștbol comenzĂł a competir de manera oficial durante los primeros años de la dĂ©cada de 1920, como miembro de la AsociaciĂłn de Football de Santiago (AFS). A fines de mayo de 1933, en idea conjunta de Green Cross, Audax Italiano, Santiago Badminton, Colo-Colo, Magallanes, Morning Star, Santiago National y UniĂłn Española, fue fundada la Liga Profesional de Football de Santiago (LPF). En su primera campaña en el profesionalismo, Green Cross no realizĂł una buena presentaciĂłn y se ubicĂł en la penĂșltima posiciĂłn del campeonato con sĂłlo un triunfo en siete partidos.
El club tuvo destacadas participaciones en el fĂștbol profesional, disciplina en la que obtuvo un tĂ­tulo de Primera DivisiĂłn y dos de Segunda DivisiĂłn. Fue en 1945 cuando Green Cross consiguiĂł su Ășnico tĂ­tulo de Primera divisiĂłn.
A inicios de 1961, en virtud de la expansiĂłn del fĂștbol por todo el paĂ­s, con la incorporaciĂłn de clubes de todas las latitudes, la ACF organizĂł la Copa Chile o Campeonato de Apertura. El club se enfrentĂł en primera fase contra la selecciĂłn de Osorno, igualando 1-1 en el primer partido, pero cayendo en la vuelta por la cuenta mĂ­nima, resultados que lo dejaron eliminado de la competencia. Sin embargo, el 3 de abril de 1961, el aviĂłn en el que parte del plantel debiĂł regresar a Santiago, sufriĂł un accidente al estrellarse contra el cerro Las Ánimas, en las cercanĂ­as de Linares, y todos sus tripulantes —jugadores, cuerpo tĂ©cnico, ĂĄrbitros y dirigentes— fallecieron. Este hecho lamentable fue conocido como la tragedia de Green Cross.
Finalmente, debido a la poca aficiĂłn con la que contaba en la capital, el club se trasladĂł a la ciudad de Temuco y se fusionĂł con el equipo local, Deportes Temuco que competĂ­a desde 1963 en Segunda DivisiĂłn.