El Club Deportivo Metropolitano fue fundado el 23 de agosto de 1933 en el barrio Independencia de Santiago. Sus primeros jugadores provenían del Club Deportivo Nacional de Recoleta, cuya rama de fútbol habia cesado sus funciones en abril de 1933.
El Metropolitano llegó a conquistar los torneos de Apertura de la Asociación Santiago en 1936 y 1937, lo que le permitió entrar a la Serie B profesional. Esa temporada de 1938 logran el campeonato tras una gran campaña en la cual solo fueron derrotados en una ocasión. Es así como logran ser aceptados a la Primera División Profesional.
Su gran logro en el profesionalismo es la de haber ganado tan solo un punto, el más bajo de la historia de clubes profesionales, un empate 4-4 ante Santiago National. Metropolitano fue eliminado de la competencia luego de ocupar la última posición del campeonato.
En los siguientes años pasó por fusiones de corta duración con clubes del fútbol amateur. Al final, el 10 de febrero de 1953 adoptó el nombre de "Metropolitano Lanús", con el cual dejó paulatinamente de competir.