El nombre del club, tiene sus raíces, en la industria de calzado, la cual en 1939 BATA abre su primera tienda en Chile con una pequeñita fábrica en Peñaflor, y luego con una pequeña tienda en la calle San Diego. Al año siguiente, deciden fundar una Institución Deportiva que los represente, teniendo su sede, en la comuna de Peñaflor, y deciden bautizarlo en honor al fundador de la prestigiosa industria de calzados. Así un 18 de septiembre de 1940, se funda el club Deportivo Thomas Bata, el cual sería la primera de las 2 instituciones de mayor prestigio, que representarían a la empresa en el ámbito deportivo (la otra, sería años más tarde, en 1963, con la creación de Soinca Bata con sede en Melipilla).
La representación de la rama de fútbol, en los primeros años, sólo se abocó a Nivel Amateur los primeros años, hasta que en el año 1950, son invitados a participar en la antigua Segunda División (DIVHA) de nuestro fútbol. En el año 1952,con la creación oficial de la serie de Ascenso, Thomas Bata sería uno de los participantes, el cual, tuvo activa representación en la serie B de nuestro fútbol, hasta el año 1954, siendo su actuación más rutilante la de 1953, en el cual se tituló campeón de la Segunda división del fútbol Chileno. Por razones que se desconocen, deciden no aceptar su Ascenso a Primera División, condición que se habían ganado con merecimientos, al haber obtenido el título. A fines de 1954, optan por retornar a su asociación de origen y comenzaría un gran periplo a partir de 1956, en el Regional Central y en la 4ª División, transformándose en uno de los clubes más poderosos y que tiene a su haber la mayor cantidad de campeonatos obtenidos. Lo avalan los títulos obtenidos en los años 1956, 1957, 1958, 1959, 1962, 1963, 1965, 1966, 1967, 1970, 1977 y 1978. Al crearse en 1981 la Tercera división, el incentivo es aún mayor, pues de obtener un nuevo título, le permitiría ascender a la serie inmediatamente superior. Sucedió en 1988, cuando se titula por 14ª vez campeón de 4ª división, esta vez, su merecido premio fue el ascenso a Tercera.
En Tercera división tuvo una fugaz participación, pues tan solo estuvo dos años, pero, en su primera incursión, la de 1989, fue muy exitosa, pues clasificó en su serie, al Hexagonal Final, donde sería uno sólo el que se llevaría el premio mayor. Pero, le tocó el infortunio, de participar en esa liguilla, junto al poderosísimo club de Lozapenco, que en ese año, tenía una planilla y un plantel que cualquier club de Primera División hubiera deseado. Obviamente el club de Penco se tituló campeón ese año.
El año siguiente, si bien tuvo una decorosa participación, no tan exitosa eso sí como la del año anterior, decide al final de año, retornar a su asociación de Origen.
En la actualidad, si bien los éxitos del club, son un valioso registro de años pretéritos, están actualmente registrado en la Asociación de Fútbol Independiente de Peñaflor, el cual fue fundado en 1998, con 3 clubes (Thomas Bata uno de ellos. Actualmente la asociación cuenta con 24 clubes en competencias de 11 series cada uno.
Es la historia de un importantísimo club lo cual 67 años de historia, están avalados en importantes éxitos, no sólo en el fútbol, sino que en Basketball y en Hockey Patín, Thomas Bata es y seguirá siendo uno de los clubes e instituciones de mayor prestigio y trayectoria.